При поддержке недобитков Клана Фут и профессора Стокмана Шреддер готовит план побега, который планирует осуществить во время транспортировки в другую тюрьму. Эйприл удается добыть информацию о побеге из файлов профессора, но подоспевшие на обновленном фургоне-мусоровозе черепашки-ниндзя не смогли остановить мутировавшего Шреддера, в последний момент улизнувшего у них из-под носа при помощи портала, разработанного Стокманом. Ну что ж, пора черепашкам отвлечься от мелких супергеройских дел и вновь показать, на что они способны.

Знаете ли вы, что…

Это третий художественный фильм с элементами анимации о черепашках-ниндзя, в котором фигурирует Кейси Джонс.

О планах снять продолжение фильма «Черепашки-ниндзя» было объявлено через два дня после его выхода на экраны в 2014 году.

Стивен Амелл сравнил роль Кейси Джонса с ролью Оливера Куина из сериала «Стрела» (2012). «Кейси Джонс чем-то напоминает Оливера Куина из старых комиксов», — сказал он.

Джудит Хоаг, снявшаяся в эпизодической роли, сыграла роль Эйприл О'Нил в фильме «Черепашки-ниндзя» (1990). Кроме того, она играла в фильме «Армагеддон» (1998) режиссёра Майкла Бэя.

Девиз на боевом фургоне гласит «Братья-тартаруга» («tartaruga» по-итальянски «черепаха»). В мультсериале «Мутанты черепашки ниндзя. Новые приключения!» (2003) на втором боевом фургоне можно прочесть девиз «Братья-тортуга» («tortuga» — «черепаха» по-испански).

В роли Рокстеди снялся профессиональный ирландский рестлер Шеймус (настоящее имя — Стефен Фаррелли).

Изначально выход фильма в прокат планировался на 2017 год.

Джудит Хоаг, игравшая роль Эйприл О'Нил в фильме «Черепашки-ниндзя» (Стив Бэррон, 1990), снялась в эпизодической роли, однако в прокатную версию фильма сцена с ней не попала.

Брэд Гэррет, который озвучил инопланетянина Крэнга, дружит с Пэтом Фрэли, чьим голосом Крэнг говорил в мультсериале «Черепашки мутанты ниндзя» (1987-1996). Когда на озвучивание этого персонажа выбрали Гэррета, Фрэли безоговорочно поддержал его кандидатуру.

Продюсеры предлагали эпизодические роли в фильме Элиасу Котеасу (первому исполнителю роли Кейси Джонса в кинематографе) и Сэму Рокуэллу (сыгравшему главаря банды), но те предложение отклонили.
Чёрно-серая шипастая броня Шреддера взята из мультсериала «Мутанты черепашки ниндзя. Новые приключения!» (2003-2009).

В детстве режиссёр Дэйв Грин был горячим поклонником черепашек-ниндзя и носил костюм Донателло.

Джонни Ноксвелл, озвучивший Леонардо в фильме Джонатана Либесмана «Черепашки-ниндзя» (2014), покинул проект, и Питу Пложеку пришлось этого персонажа и озвучивать, и играть (для создания компьютерного образа Леонардо использовалась технология «захват движения»).

Изначально в подзаголовок фильма были вынесены слова «Половина панциря». Это отсылка к песне о главных персонажах «Герои в половинках панциря».

Роли Сплинтера, Шреддера и Караи исполняют Питер Дональд Бадаламенти II, Брайан Ти и Бриттани Исибаси. Все актёры моложе прежних исполнителей соответствующих ролей Дэнни Вудберна, Тохору Масамуне и Мины Нодзи.

После Криса Эванса, который озвучил Кейси Джонса в полнометражном компьютерном мультфильме «Черепашки-ниндзя» (2007), Стивен Амелл стал вторым актёром, снимавшимся в теле- и кинопроектах по мотивам комиксов, занятым в роли Джонса. Пока Амелл снимался в телесериале «Стрела» о супергерое издательства «DC Comics» (2012), Эванс был занят в съёмках проектов по комиксам «Marvel Comics» (других тоже, но реже).

Алан Ричсон (исполнитель роли Рафаэля) и Стивен Амелл (он играет Кейси Джонса) вместе играли в сериале «Реальные пацаны» (2010-2011). Ричсон сыграл там полузащитника футбольной команды и одного из центральных персонажей, а Амелл — защитника, и только в первом сезоне.

Крэнга должен был озвучивать Фред Армисен, однако он не смог из-за участия в других проектах, и Крэнг заговорил в фильме голосом Брэда Гэррета.

Бриттани Исибаси называет себя страстной поклонницей Караи.

Это седьмой снятый по комиксам проект в карьере актёра Гэри Энтони Уильямса. Прежде он снимался в фильмах «Люди в чёрном» (Барри Зонненфельд, 1997) и «Гетто» (Аудрюс Юзенас, 2005) и озвучивал персонажей в мультфильмах и мультсериалах «Бэтмен: Отвага и смелость» (2008-2011), «Мстители: Величайшие герои Земли» (2010-2013), «Тёмный рыцарь: Возрождение легенды. Часть 1» и «Тёмный рыцарь: Возрождение легенды. Часть 2» (2012 и 2013), а также «Берегитесь Бэтмена» (2013-2014).

Второй снятый по комиксам проект в карьерах актёров Брайана Ти после фильма «Росомаха: Бессмертный» (Джеймса Мэнголда, 2013) и Стивена Амелла после телесериала «Стрела» (2012).

Шестой снятый по комиксам проект в карьере актёра Брэда Гэррета после фильма «Каспер» (Брэд Силберлинг, 1995), «Тик-герой» (актёр озвучивания в мультсериале 1994-1996), «Супермен» (актёр озвучивания в мультсериале 1996-2000), «Гарфилд» (Питер Хьюит, 2004) и «Астерикс и викинги» (актёр озвучивания в англоязычном дубляже полнометражного анимационного фильма, 2006).

Брэд Гэррет, который озвучивает Крэнга, появился в одном из эпизодов телесериала «Дефективный детектив» (2002), главную роль в котором исполнил Тони Шэлуб, чьим голосом в фильме «Черепашки-ниндзя 2» говорит Сплинтер.