Даллас, штат Техас. Бомба террориста уничтожает здание. В ходе расследования спецагенты ФБР Фокс Малдер и Дана Скалли сталкиваются с тайным заговором, превосходящим по опасности все, что они до этого встречали. Рискуя собственной жизнью и карьерой, Малдер и Скалли делают все для уничтожения смертельного вируса, способного поразить все живое на Земле и, возможно, имеющего внеземное происхождение.

В этой погоне за правдой они выходят на таинственный синдикат, состоящий из могущественных людей, которые не остановятся ни перед чем ради сохранения своих секретов. Люди синдиката преследуют агентов в техасской пещере, штабе ФБР и на секретной базе в Антарктике, хранящей самый главный секрет…

Знаете ли вы, что…

Финальная сцена фильма снималась в тех местах, где Лукас работал над «Звездными войнами» в эпизодах на Татуине.

Конрад Страгхолд (изображаемый Армином Мюллер-Шталем) был назван по имени реально существовавшего Губертуса Стругхолда, нацистского медицинского исследователя, который проводил эксперименты на заключенных концлагеря Дахау во время Второй мировой войны.

События фильма происходят между 5-м и 6-м сезонами сериала.