События фильма происходят во время войны в Боснии. Группа бойцов Войска Республики Сербской оказалась окружённой противником в тоннеле, по иронии судьбы построенным по приказу Тито во славу «Братства и единства». Воины вспоминают мирную жизнь и детство. Не всем суждено выжить, но война отложила отпечаток на сознание выживших. Через весь фильм проходит история двух героев, «мусульманина и серба», друживших с самого детства, и которых разделила война.

«Красивые деревни красиво горят» имеет непоследовательную структуру повествования. Один из героев, Милан, находится в госпитале после ранения. Фильм состоит из флэшбеков, в которых события войны смешиваются с воспоминаниями о детстве и юности из 1970-х и 1980-х. Объединяющим эпизодом служит стычка двух отрядов, боснийского и сербского, в недостроенном туннеле.